Има ли проблем, ако не отида да ми нанесат оценката по даден предмет в книжката? Въпреки това ще я впишат в протокола и ще ми се води тази оценка, нали?

Да, ще я има в протокола. Все пак е хубаво да имаш оценките в книжката си, защото те са един вид твоето доказателство, ако нещо с протокола се "прецака".